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SEARCH è il programma per comparare le sequenze genomiche utilizzato nel progetto Genome Comparison (vedi: W.R. Pearson [1991] Genomics 11:635-650), una implementazione libera del più rigoroso algoritmo di Smith-Waterman (vedi: T.F. Smith and M. S. Waterman, [1981] J. Mol. Biol. 147:195-197) che è una accurata e organizzata procedura per effettuare un dato tipo di calcoli o risolvere una dato tipo di problema. In questo caso il programma trova il miglior allineamento possibile tra due sequenze matematiche.