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FightAIDS@Home

Scopo del progetto Modifica

FightAIDS@Home è un progetto di calcolo distribuito che ha base nel Laboratorio Olson all'Istituto di Ricerca Scripps (TSRI). Lo scopo è quello di utilizzare tecniche e software di simulazione biomedicale per cercare un modo di curare o almeno di prevenire la diffusione dell'AIDS e del HIV.

Importanza Modifica

È stato dimostrato più volte che la funzione di una molecola - una sostanza fatta di molti atomi - è influenzata dalla sua forma tridimensionale. L'oggetto dello studio di Olson è la proteasi dell'HIV, una componente fondamentale del virus che, se bloccata, impedisce al virus di maturare. Questi blocchi, conosciuti come inibitori delle proteasi, sono quindi un modo per evitare l'insorgere dell'AIDS e prolungare la vita. Il Laboratorio Olson sta usando metodi computazionali per identificare nuovi potenziali medicinali che abbiano la giusta forma e caratteristiche chimiche per bloccare la proteasi dell'HIV. Questo approccio generale è chiamato Sviluppo strutturale dei medicinali.

L'HIV è un "replicatore impreciso" cioè continua ad evolversi in nuove varianti, alcune delle quali sono resistenti ai medicinali attuali. È quindi vitale che gli scienziati continuino la loro ricerca per nuovi e migliori farmaci per combattere questo "bersaglio in movimento". Gli scienziati sono in grado di determinare tramite esperimenti le forme di una proteina e di un farmaco separatamente, ma non sempre di entrambi quando combinati. Se gli scienziati conoscessero come una molecola di un farmaco si adatta nel sito attivo della proteina bersaglio, allora i farmacisti potrebbero capire come creare medicine ancora migliori, più efficaci di quelle esistenti.

Approccio Modifica

Per rispondere a queste sfide, il progetto della World Community Grid FightAIDS@Home utilizza un programma software chiamato AutoDock (letteralmente "autoaggancio") che è un insieme di strumenti in grado di predirre come le piccole molecole, quali quelle dei potenziali farmaci, si potrebbero legare o agganciare ad un recettore di una struttura tridimensionale conosciuta.

La prima versione di Autodock fu scritta nel laboratorio Olson nel 1990 dal Dott. David S. Goodsell. Da allora, sono state rilasciate nuove versioni, sviluppate dal Dott. Garrett M. Morris, che aggiungono i risultati e le strategie di nuove scoperte scientifiche e che rendono il software computazionalmente più robusto, veloce e facile da usare per gli altri scienziati. Dall'inizio di questo progetto, la World Community Grid ha utilizzato una versione pre-rilascio di Autodock 4. Nell'agosto 2007 WCG ha cominciato ad utilizzare la nuova versione aperta al pubblico di Autodock 4 che è più veloce, più accurata, può gestire ricerche flessibili sulle molecole ed può inoltre essere usata per l'analisi dell'aggancio tra molecole.

Autodock è utilizzato nel progetto per agganciare un grande numero di piccole molecole alla proteasi dell'HIV; le migliori molecole trovate per via computazionale vengono poi testate in laboratorio per valutare l'efficacia contro il virus dell'HIV.

Storia Modifica

FightAIDS@Home fu originariamente sviluppato dalla compagnia Entropia. Dal maggio 2003 però FightAIDS@Home ed Entropia terminarono la loro collaborazione^[1] e successivamente, nel novembre del 2005, il progetto passò alla World Community Grid e il software Entropia fu definitivamente abbandonato^[2].

FightAIDS@Home fa ora uso del software AutoDock.

L'Istituto di ricerca Scripps ha presentato la sua prima pubblicazione scientifica sui risultati di FightAIDS@Home il 21 Aprile 2007^[3].